Ubuntu18.0.4インストール後 まとめ (MRI画像解析用)
Ubuntuを3年ほど使ってると、挙動が怪しいことに...こういう時はクリーンインストールをするといい様子。
ということで、Ubuntuインストール後にすべきことをまとめてみました。
Ubuntuは現時点(2020/12/31)で20.0.4が最新なようですが、以下18.04.03の日本語版を使用してます。
ホームディレクトリの日本語が鬱陶しいので、まずは以下を参考に英語に変換
https://qiita.com/taiko19xx/items/d1a001bfc25245b91354
Matlab
有償だが、必要不可欠なのでインストール
あとのfreesurferやfslでもパスをいじることになるので、まず最初に入れたほうがいいはずです。で、パスを設定するわけですが、.bashrcよりも.bash_aliasesで設定するほうが事故が防げていいようです。
https://www.nemotos.net/?p=3529
FSL
以下を参考にインストール。ただその前にpythonをインストールする必要が。
sudo apt-get install python
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux
flirt --version で"flirt: error while loading shared libraries: libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory"ときたら、以下のコマンドを実行(
https://stackoverflow.com/questions/53138650/problems-about-installing-fsl-6-0-on-ubuntu-18-04
)
apt-get install libopenblas-base
bash_aliasesに以下を追加するのを忘れない。
# FSL
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH="${PATH}:${FSLDIR}/bin"
export FSLDIR
Freesurfer
version7になってから、recon-allの処理速度が速くなったご様子。
license.txtを/usr/local/freesurferに入れるのを忘れない
shスクリプトが、基本tcshで書かれてるので、tcshが/binになければ、インストールする
sudo apt-get install tcsh
※ Ubuntu 20.4.0でFreesurfer 6.0.1を入れてみて、freeviewをしてみると以下のようなエラーが出てきました。
freeview.bin: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
下のリンクに従い、libpngを入れたら解決いたしました。
apt - error while loading shared libraries: libpng12.so.0 - Ask Ubuntu
HCP pipelines
インストールの仕方に関しては、筑波大学の精神科の根本先生が非常に分かりやすく書かれてるので、それを参考にインストール。
https://www.nemotos.net/?p=3613
Rのパッケージのインストールがやはりうまく行かない？
(2021/11追記)
研究室のPCでやるとproxyの関係で、うまく行ってなかったことが判明。
Sys.setenv(https_proxy="http://proxy.hogehoge")
をRのコマンド上で動かして解決
(2021/11追記)
FIXのsettings.shスクリプト
最新版のHCP Pipelinesだと
187行目はFSL_FIX_CIFTIRW='/usr/local/HCPpipelines/global/matlab/cifti-matlab';
に変更する必要があり。
Workbenchが1.4.2がすでにない様子。
しかしながらver 1.5だとうまく動かず、古いversionをsourceからインストールする必要があり。
GitHub - Washington-University/workbench at olderversions
QT5とOSmesaが必要とのこと
sudo apt-get install qtbase5-dev qttools5-dev-tools qt5-default
sudo apt-get install libosmesa6-dev
(2022/12追記)
最新版のHCP pipelineでは特に問題なく、Workbench ver 1.5でも動くようになっていました。
ANTs
下記のリンクを参考にインストール
pipを用いたUbuntuへのANTｓのインストール方法（ソースコードからのコンパイル）
Anaconda
python関係の基本的によく使うものがそろっているものです。
DIPY
最新のAMICOがpythonで動くらしいので、お試し程度にインストール。
適宜、情報を更新したいと思います。
bitbucket上でのgitの使い方(Ubuntu 18.04)
bitbucket上でやろうとしたらつまずいたので、メモ
0.
git init
git remote add origin "hoge"
1. まずは、bitbuckertの内容を取ってくる(pull)するが、この時点でエラーが...
git pull
ERROR
From bitbucket.org:hogehoge/hoge
* branch master -> FETCH_HEAD
fatal: refusing to merge unrelated histories
これが正解のご様子
git pull origin master --allow-unrelated-histories # update
2. 次はbitbucketへの更新
git add -A #更新されたものを全て反映
git commit -m "Needs Some Comment"
git push origin master
IELTS大阪会場の感じ
IELTS(大阪会場)受けてきました！どんな感じの雰囲気なのか気になる人もいらっしゃると思うので、書いてみたいと思います。まず一言、Speaking会場と午前の会場、違います。気を付けましょう。
・Listening/Reading/Writing
試験会場は梅田駅からちょっと離れたビルでした。２週間前ぐらいにやっと試験会場が分かるので、下見は必須だと思います。まずは、荷物を置き場に荷物を袋にくるんで封をして、おきます。荷物を置いたら参考書を見れなくなくなるので、ちょっと遅めに行ってもいいかもしれませんね。実際、早めに行った私はなにもできないまま座らされてすっごく暇でした。荷物を置いたら、次は指紋の登録と顔写真です。で、それが終わると、試験会場に入室です。入室の際も、指紋認証をしなくてはなりません。そして一回試験会場の席に座れば、立ち上がる時には手を挙げてから立ち上がるというめんどくさいシステムでした。入室前にトイレはできるだけ済ませておいた方がいいですね。で、試験開始時間まで何もせずに待ちます。
・Speaking
Speaking会場は、20分ぐらい歩いたとこにある英検のテストセンターでした。最初に指紋認証と名前確認を済まして、部屋の長椅子で待機となります。早めに来ると前の回の休みで出てきた試験官が見えてどんな感じの人なのか分かるので少しは緊張がほぐれるかも？時間になれば、呼ばれて奥の部屋に行って試験を受けるという形になります。
Matlab2PythonとPython2Matlabー備忘録
最近Pythonを使う必要性が出てきて勉強中のものです。個人的にはMatlabの方が慣れてるので、ある程度のところまではMatlabで処理を行って、部分的にPythonに頼り、またMatlabで処理を行うためによく使うものをここではまとめたいと思います。
Matlab2Python
mat fileをpythonで取り出すと辞書形式で取り出されます。
import scipy.io as io data=io.loadmat("Data.mat") X=data["X"] # 保存したData.mat内の変数
取り出したXはnumpy arrayになります。
Python2Matlab
取り出すときは辞書形式だったので、逆の時も辞書形式で保存しなくてはなりません。
import scipy.io as io io.savemat("Result.mat",{"X":X,"Y":Y}) #保存したい変数は辞書形式で保存する
追記
読み込めないmatfileもあるようなので、また支障が出てきたら解決策を後に書いていこうと思います。
IELTS7.0獲得まで一ヶ月半でしたこと
最近受けたIELTS(Academic Module)の結果が帰ってきました。
Overall 7.0
Listening 8.0, Reading 8.0, Writing 6.0, Speaking 6.0
初めてな上に仕事が忙しかったこと考えれば、まあまあの出来かな？Speakingむっちゃ緊張しました。大阪会場がどんな感じだったのかはまた別の機会に書くとして、１ヶ月半で自分が良かったと思う勉強法について、書いてみます。参考になれば幸いです。
・一ヶ月半前からー一ヶ月前まで
まず初めてなので、IELTSってどんなんか分からん。
そもそも今まで受けた英語のテストって、TOEICと英検やし、英検のSpeakingむっちゃとちった記憶しかない...あっちなみにIELTSの試験官すごく優しいです。緊張を適度にほぐしてくださいます。ということで、どんなんか分からんうちは何の対策もできないので、下のやつで勉強いたしました。
www.amazon.co.jp最初は日本語の教科書でいいんだと思いますが、やっぱり真剣に対策するとなると問題のレベルの点からも英語の教科書の方がはるかにいいと思います。
・一ヶ月前ー
もちろん王道の過去問演習はしますよね？笑
www.amazon.co.jp週末や祝日のたびにちょこちょこ時間測って解いて、平日の空き時間にReadingの精読、Listeningの解き直し、自分の聞き漏らしてたとこの確認とかをしていました。
本当は、シャドーイングとかやりたかった...だが、時間がなかった。汗
さて、TOEIC対策してた時からぼちぼち聞いてたAll Ears English Podcastの中で、宣伝してて運良く出会えたのがこれです。
www.allearsenglish.comよくあるネットで動画をみる映像授業なわけですが、7.0取るのに本当に役立ったと思います。Readingでよく言われるSkimming,Scannigって何か言えますか？もし言えないなら、この映像授業はかなり役立つかもしれません。30Day Courseと60Day Courseがあるわけですが時間がないため30Day Courseに準じて勉強しました。(値段は変わりません。)WritingやSpeakingでよく使うフレーズとかもを教えてくれます。
上に加え、
・Reading
BBC WorldやGuardinのブログの読んでました。単語力アップにもいいと思います。
・Listening
BBCのPodcastとAll Ears EnglishのPodcastは暇なら聞いてました。後、仕事行くときにはNHK World English Listeningを聞いてみたり、刑事コロンボの映画暇な時に観たりもしてました。Speakingで使えそうなフレーズ探しに映画観るのはいいと思います。刑事コロンボだと、特にコロンボの自分の好きなことを語りに語りまくるところのフレーズいっぱい使えると思います。あっもちろん字幕は英語で。
・Writing
周りに添削をお願いできる先生がいなかったので、ielts blogの添削サービス使わせてもらいました。確か、添削サービスの中では格安だったはずです。
ちなみに、メーリングリストに登録すると、最新のSpeakingやWritingの問題が流れてくるので結構いいです。期待して、ちゃんと最新の問題の回答準備して見事外しましたが...
・Speaking
dmm英会話を使いました。こちらは１日25分のみですが本当に安いです。Skypeでやるやつなので、自分で時間帯も選べたので、仕事をしてる身としてはすごくありがたかったです。
eikaiwa.dmm.com値段が張りますが、ネイティブコースもあります。でも面倒なのでノンネイティブにしました。 セルビア人やボスニアヘルツェゴビナ人の講師は、イギリス英語に近いため本当にためになりました。
単語集はやればよかったんだろうなとは思いますが、時間がありませんでした。
３年ぐらしか有効でないようなので、つぎ受ける時はもうちょっと早めに対策をしてちゃんと勉強しておこうかな？
