Ubuntu18.0.4インストール後 まとめ (MRI画像解析用)
Ubuntuを3年ほど使ってると、挙動が怪しいことに...こういう時はクリーンインストールをするといい様子。
ということで、Ubuntuインストール後にすべきことをまとめてみました。
Ubuntuは現時点(2020/12/31)で20.0.4が最新なようですが、以下18.04.03の日本語版を使用してます。
ホームディレクトリの日本語が鬱陶しいので、まずは以下を参考に英語に変換
https://qiita.com/taiko19xx/items/d1a001bfc25245b91354
Matlab
有償だが、必要不可欠なのでインストール
あとのfreesurferやfslでもパスをいじることになるので、まず最初に入れたほうがいいはずです。で、パスを設定するわけですが、.bashrcよりも.bash_aliasesで設定するほうが事故が防げていいようです。
https://www.nemotos.net/?p=3529
FSL
以下を参考にインストール。ただその前にpythonをインストールする必要が。
sudo apt-get install python
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux
flirt --version で"flirt: error while loading shared libraries: libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory"ときたら、以下のコマンドを実行(
https://stackoverflow.com/questions/53138650/problems-about-installing-fsl-6-0-on-ubuntu-18-04
)
apt-get install libopenblas-base
bash_aliasesに以下を追加するのを忘れない。
# FSL
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH="${PATH}:${FSLDIR}/bin"
export FSLDIR
Freesurfer
version7になってから、recon-allの処理速度が速くなったご様子。
license.txtを/usr/local/freesurferに入れるのを忘れない
shスクリプトが、基本tcshで書かれてるので、tcshが/binになければ、インストールする
sudo apt-get install tcsh
※ Ubuntu 20.4.0でFreesurfer 6.0.1を入れてみて、freeviewをしてみると以下のようなエラーが出てきました。
freeview.bin: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
下のリンクに従い、libpngを入れたら解決いたしました。
apt - error while loading shared libraries: libpng12.so.0 - Ask Ubuntu
HCP pipelines
インストールの仕方に関しては、筑波大学の精神科の根本先生が非常に分かりやすく書かれてるので、それを参考にインストール。
https://www.nemotos.net/?p=3613
Rのパッケージのインストールがやはりうまく行かない？
(2021/11追記)
研究室のPCでやるとproxyの関係で、うまく行ってなかったことが判明。
Sys.setenv(https_proxy="http://proxy.hogehoge")
をRのコマンド上で動かして解決
(2021/11追記)
FIXのsettings.shスクリプト
最新版のHCP Pipelinesだと
187行目はFSL_FIX_CIFTIRW='/usr/local/HCPpipelines/global/matlab/cifti-matlab';
に変更する必要があり。
Workbenchが1.4.2がすでにない様子。
しかしながらver 1.5だとうまく動かず、古いversionをsourceからインストールする必要があり。
GitHub - Washington-University/workbench at olderversions
QT5とOSmesaが必要とのこと
sudo apt-get install qtbase5-dev qttools5-dev-tools qt5-default
sudo apt-get install libosmesa6-dev
(2022/12追記)
最新版のHCP pipelineでは特に問題なく、Workbench ver 1.5でも動くようになっていました。
ANTs
下記のリンクを参考にインストール
pipを用いたUbuntuへのANTｓのインストール方法（ソースコードからのコンパイル）
Anaconda
python関係の基本的によく使うものがそろっているものです。
DIPY
最新のAMICOがpythonで動くらしいので、お試し程度にインストール。
適宜、情報を更新したいと思います。
