Ubuntu18.0.4インストール後 まとめ (MRI画像解析用)

Ubuntuを3年ほど使ってると、挙動が怪しいことに...こういう時はクリーンインストールをするといい様子。
ということで、Ubuntuインストール後にすべきことをまとめてみました。
Ubuntuは現時点(2020/12/31)で20.0.4が最新なようですが、以下18.04.03の日本語版を使用してます。

 

ホームディレクトリの日本語が鬱陶しいので、まずは以下を参考に英語に変換
https://qiita.com/taiko19xx/items/d1a001bfc25245b91354

Matlab

有償だが、必要不可欠なのでインストール
あとのfreesurferやfslでもパスをいじることになるので、まず最初に入れたほうがいいはずです。で、パスを設定するわけですが、.bashrcよりも.bash_aliasesで設定するほうが事故が防げていいようです。

https://www.nemotos.net/?p=3529

 

FSL

以下を参考にインストール。ただその前にpythonをインストールする必要が。
sudo apt-get install python

https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux

flirt --version で"flirt: error while loading shared libraries: libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory"ときたら、以下のコマンドを実行(

https://stackoverflow.com/questions/53138650/problems-about-installing-fsl-6-0-on-ubuntu-18-04

)

apt-get install libopenblas-base

bash_aliasesに以下を追加するのを忘れない。

# FSL
FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH="${PATH}:${FSLDIR}/bin"
export FSLDIR

 

Freesurfer

version7になってから、recon-allの処理速度が速くなったご様子。

license.txtを/usr/local/freesurferに入れるのを忘れない

shスクリプトが、基本tcshで書かれてるので、tcshが/binになければ、インストールする

sudo apt-get install tcsh

 

HCP pipelines

インストールの仕方に関しては、筑波大学の精神科の根本先生が非常に分かりやすく書かれてるので、それを参考にインストール。

https://www.nemotos.net/?p=3613

Rのパッケージのインストールがやはりうまく行かない?

 

ANTs

Anaconda

DIPY

最新のAMICOがpythonで動くらしいので、お試し程度にインストール。

 

適宜、情報を更新したいと思います。